一般学者皆以张德隆为玄教最末一任掌教。但从王祎《马迹山紫府观碑》和苏伯衡《梁道士传》的记载中，发现继张德隆之后，还有一个于大宗师掌领玄教，而据《汉天师世家》卷三《张正言传》考之，此于大宗师当为于有兴。他先后拜师何恩荣、薛廷凤、薛玄曦，为张留孙之再传。考上述诸文所记，至正十四年，于有兴已任掌教，至正十八年仍在掌教任中。此时离元亡已不到十年，他可能是玄教最末一代掌教了。
在玄教掌教的嬗递过程中，逐渐形成了一套掌教传承制度。主要的有：第一，除第一代掌教张留孙由元世祖直接任命外，其后的几代掌教皆由前任掌教选定，推荐给皇帝，由皇帝降‘玺书‘加以任命。第二，继任掌教在接任时，除必须有皇帝正式任命的‘玺书‘外，又须以张留孙遗下的大宗师印和宝剑相承传，以为内部凭证。据袁桷《玄教大宗师家传》记载，宝剑为至元十四年由元世祖所赐，上刻‘大元赐张上卿‘；印则是皇庆二年（1313）仁宗所赐，上刻‘玄教大宗师‘，手授曰：‘以是传教俾永远‘。这种以印、剑象征教权的传承办法，是模仿历代天师以张陵都功印和佩剑相传承的制度而来。但玄教大宗师的印、剑都来自皇帝所赐，比张陵的印、剑更具有权威性。玄教掌教所受的玺书和印、剑，又明确表明其教权直接来自皇帝，他们可以凭借这些象征教权、皇权之物，独立自主地行使对该教派的管理权，不必再听命于天师。因此，无论该教派所辖区域道官的任命、宫观的建立，以及道士的吸收等，都是由玄教历任掌教独自处理。
玄教又有独立的组织领导体制。其首脑机关在大都崇真万寿宫，最高首领是玄教大宗师。下设玄教嗣师、崇真万寿宫提点、江淮荆襄道教都提点等职，以辅助大宗师工作。其下根据元朝的行政区划，设立各级地方组织。路设道录司，职其事者为道录、道判；州设道正司，职其事者为道正、道判；
县设威仪司，职其事者为威仪；最基层是宫观，设住持、提点、提举。可见其组织体系已经相当完备，这是多年经验积累的结果。
玄教在元代虽然兴盛，但它在道教理论上却无建树，倒是有不少弟子在儒学方面有相当造诣。其中以玄教第二代掌教吴全节最为突出。其师张留孙‘每与廷臣议论，及奏对上前，及于儒学之事，必曰：‘臣留孙之弟子全节深知儒学，可备顾问。‘是以武宗、仁宗之世，尝欲使返初服，而置诸辅弼焉‘。④当时大儒吴澄也对吴全节的儒学十分称赞，谓：‘吴真人全节寄迹道家，游意儒术，明粹开豁，超出流俗。‘（吴澄《题吴真人封赠祖父诰词后》）许有壬曾奉敕给吴全节的画像写赞语，其中有两句云：‘人以（公）为仙，我以（公）为儒。‘
（许有壬《特进大宗师闲闲吴公挽诗序》）吴全节自幼向空山道士雷思齐学《易》，对《易》学有相当修养；又十分推崇陆学，向文宗皇帝进陆九渊《语录》。第三代大宗师夏文泳对‘三教九流之书无所不读，而深明于先儒理学之旨。又尝受《河图》于隐者，有昔人未睹之秘。而于《皇极经世》之说，亦了然胸臆间‘。⑤在文学上有造诣的弟子则更多，如吴全节、陈义高、朱思本、陈日新、薛玄曦等，皆工诗能文，尤以诗著名当世。吴全节有诗集名《代祠稿》（现已不存）；陈义高有诗文集名《沙漠稿》《秋岩稿》《西游稿》《朔方稿》（四库全书现存其《陈秋岩诗集》二卷）；朱思本有诗文集名《贞一稿》（现存《委苑别藏》中）；陈日新诗文集不存；薛玄曦有侍集《上清集》《樵者问》（现仅《茅山志》存诗几首）。他们的诗文皆博得当时许多诗文大家的好评。
玄教在修习方术上杂采兼收。除承袭龙虎宗的符箓斋醮外，杂采众家。如吴全节既向南宗道士陈可复学雷法，又向东华派首领林灵真学道法，还向南宗道士赵淇学内丹。夏文泳对‘道法、斋科悉加考订、折衷，下至医药、卜筮，莫不精究‘。⑥徐懋昭‘游衡庐名山，遇真人授异书，能役鬼神致雷雨，祭星斗，弭灾沴，所至，人迎候之唯恐不及‘。⑦陈日新‘道书丹经，大洞玉诀，灵宝黄箓斋科等书，皆极精诣。‘‘又能论人生甲子，推之以言其祸福寿天，奇中‘⑧。陈义高‘旁通百家，用于致雷雨，役鬼神，于卜筮、推步，俱有大过人者‘。⑨玄教随元世祖统一江南而兴，随元亡而亡，历世既不长，对道教的建树也不多，但在促成江南诸道派在元后期合并为正一道中，却发