兴平元年{公元一百九十四年}，曹操东征陶谦，张邈、陈宫乘机在兖州反曹，暗中迎接吕布。时荀彧和寿张令程昱守鄄城{即后世的山东鄄城北，兖州治所}，吕布到后，张邈派刘翊告诉荀彧:“吕将军来帮助曹使君进攻陶谦，应该马上供给他们军备粮食。“
众人疑惑，唯荀彧知其计，立即命令军队加强防，并急召东郡太守夏侯惇。而兖州诸城皆响应张邈，投靠吕布阵营。当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。
曹操大败吕布，吕布连夜弃营撤往徐州。曹操乘胜攻取定陶城，并分别派出部队收复兖州各县，兖州遂平。此战的获胜，对曹操以后统一北方，成就大业，具有重要的意义，荀彧功不可没。
建安元年{公元一百九十六年}，随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安{即后世的陕西西安西北}返回洛阳{即后世的河南洛阳东北}。